SGI a translační genotypologie pro výzkum rakovinné léčby
11.1.2008, Jan Vítek, aktualita
Z malinko jiného soudku je zpráva společnosti SGI, která pojednává o využití její technologie pro výzkum rakovinné léčby, přesněji zjišťování rozdílů a změn v genotypu, které spouští chorobu. Využívá ji TGen - Translační genotypový výzkumný...
Z malinko jiného soudku je zpráva společnosti SGI, která pojednává o využití její technologie pro výzkum rakovinné léčby, přesněji zjišťování rozdílů a změn v genotypu, které spouští chorobu. Využívá ji TGen - Translační genotypový výzkumný institut, jenž má v arzenálu systém SGI Altix 4700 se 48 procesorovými jádry Intel Itanium. Ten byl zakoupen prostřednictvím grantu Národního zdravotního institutu (NIH - National Institute of Health) do ústavu ve Phoenixu, Arizona.
Půl terabytu (přesně 576 GB) sdílené paměti Altixu umožňuje, aby vědci vyhledávali napříč chromozomy, jež budou uloženy přímo v paměti, takže se problém nebude muset rozkládat na menší části, a přistoupí se k němu jako k celku. Budoucí čas je na místě, protože samotný kód pro vyhledávání má být ještě napsán, ale k dispozici jsou již benchmarky z programu ClustalW pro srovnání primární biologické sekvenční informace. Výkon má být na 64bitovém systému v porovnání s 32bitovým o 50 % vyšší.
„Technologie, a mikro soubory především, umožnily, aby se bioinformatické datové soubory staly tak rozsáhlé, že je nyní nezbytné využívat 64-bitovou výpočetní infrastrukturu s velkou pamětí, abychom byli schopni manipulovat a analyzovat tak datově náročné soubory jak naši vědci vyžadují“, uvedl James Lowey, ředitel pro vysoce výkonné bio výpočty (Translační genotypový výzkumný institut). „Konvenční 32-bitové výpočetní architektury nemohou adresovat paměť nad 4 GB. Tento limit představuje přibližně optimální analytický přístup díky neúměrně prodlouženým časům výpočetních analýz potřebných pro optimální matematické modely a výpočetní algoritmy.“
Analýzy v TGen pokrývají maligní myelom, tedy zhoubný nádor kostní dřeně, rakovinu kůže, Alzheimrovu chorobu, autismus a rakovinu slinivky břišní, prostaty, tračníku a prsu.
Zdroj: SGI
Půl terabytu (přesně 576 GB) sdílené paměti Altixu umožňuje, aby vědci vyhledávali napříč chromozomy, jež budou uloženy přímo v paměti, takže se problém nebude muset rozkládat na menší části, a přistoupí se k němu jako k celku. Budoucí čas je na místě, protože samotný kód pro vyhledávání má být ještě napsán, ale k dispozici jsou již benchmarky z programu ClustalW pro srovnání primární biologické sekvenční informace. Výkon má být na 64bitovém systému v porovnání s 32bitovým o 50 % vyšší.
„Technologie, a mikro soubory především, umožnily, aby se bioinformatické datové soubory staly tak rozsáhlé, že je nyní nezbytné využívat 64-bitovou výpočetní infrastrukturu s velkou pamětí, abychom byli schopni manipulovat a analyzovat tak datově náročné soubory jak naši vědci vyžadují“, uvedl James Lowey, ředitel pro vysoce výkonné bio výpočty (Translační genotypový výzkumný institut). „Konvenční 32-bitové výpočetní architektury nemohou adresovat paměť nad 4 GB. Tento limit představuje přibližně optimální analytický přístup díky neúměrně prodlouženým časům výpočetních analýz potřebných pro optimální matematické modely a výpočetní algoritmy.“
Analýzy v TGen pokrývají maligní myelom, tedy zhoubný nádor kostní dřeně, rakovinu kůže, Alzheimrovu chorobu, autismus a rakovinu slinivky břišní, prostaty, tračníku a prsu.
Zdroj: SGI
