Superpočítač Summit našel 77 slibných sloučenin proti Covid-19, co bude dál?

Superpočítač IBM Summit patří americkému Ministerstvu energetiky (DoE) a jedná se o 10MW systém s 9.216 procesory Power9 s 22 jádry  a celkem 27.648 GPU NVIDIA Tesla V100. Jeho teoretický výkon přesahuje 200 PetaFLOPS a v praxi bylo v Oak Ridge National Laboratory dosaženo 148,6 PetaFLOPS. 

 

 

Už řadu dní pak tento superpočítač slouží k účelu hledání léku proti nemoci Covid-19 způsobené koronavirem a nyní se dozvídáme, že našel 77 různých sloučenin, které by mohly pomoci zastavit jeho šíření v těle. Výkon superpočítače Summit nebo i jiných systémů se zaměřil na specifický protein nacházející se na povrchu viru. Ten stejně jako jiné viry potřebuje s využitím tohoto proteinu napadnout buňky, aby se mohl rozmnožovat, a to prostřednictvím jejich receptorů ACE2. 

 

Cílem tak je vytvořit sloučeninu, která by se dokázala na daný protein navázat, a tím vir zneškodnit, aby se dále nemohl šířit. Summit přitom provádí příslušné simulace a zatím stihl takto virtuálně vyzkoušet přes osm tisíc sloučenin a mezi nimi identifikoval 77, jež by mohly pomoci. 

 

To představuje jistý pokrok, nicméně i kdyby některá z oněch sloučenin mohla šíření viru zabrzdit, provedené simulace nám nic neřeknou o tom, jak jsou či nejsou bezpečné pro člověka samotného, takže následovat musí jednak samotná syntéza identifikovaných sloučenin a následně studie a klinické testy.

 

Také je třeba poznamenat, že nejde o výrobu vakcíny, která by měla zastavit samotnou pandemii. Jde o lék, který bude používán u již napadených lidí, čili zde jde v prvé řadě o snížení smrtnosti a řešení složité zdravotnické situace v nejpostiženějších oblastech. Právě to je ale jeden z nejpalčivějších problémů, který Covid-19 přinesl. 

 

Včera se také ozvala White House Office of Science and Technology Policy, která navázala spolupráci s DoE ve snaze uvést do chodu celé COVID-19 High Performance Computing Consortium. Účelem toho všeho je vyvíjet prediktivní modely o rozšiřování nemoci, nové potenciální terapie a také už i možné vakcíny, a to samozřejmě pomocí výkonu superpočítačů. To zasáhne vědní disciplíny epidemiologie, bioinformatiky a molekulárního modelování. 

 

Konsorcium bude přitom přijímat návrhy z celého světa a ty nejslibnější budou přetaveny v projekty určené pro zpracování na superpočítačích. Krom DoE se do tohoto projektu zapojují také NASA, MIT, Rensselaer Polytechnic Institute, Lawrence Livermore National Lab, Argonne National Laboratory, Oak Ridge National Laboratory, Sandia and Los Alamos National Laboratories a National Science Foundation.

 

Zdroj: CNN